Sau khi được cài đặt, một số chương trình có thể sẽ được thiết lập để tự động chạy mỗi khi khởi động máy vi tính. Các chương trình này khi chạy thường sẽ làm cho máy vi tính của bạn khởi động chậm và chiếm một khoảng dung lượng bộ nhớ của hệ thống.
Sử dụng máy vi tính thực chất là sử dụng những chương trình, phần mềm ứng dụng được cài đặt trên máy vi tính để thực hiện một hay nhiều công việc cụ thể nào đó như đánh văn bản, tính toán, xử lý ảnh, in ấn hoặc giải trí như truy cập internet, chơi trò chơi, xem phim, nghe nhạc,...
Ngày nay các máy vi tính đều sử dụng các chương trình có giao diện đồ họa giúp người dùng dễ dàng sử dụng chuột để lựa chọn và điều khiển. Bên cạnh đó các chương trình cũng cho phép sử dụng tổ hợp các phím đặc biệt để giúp nhanh chóng thực hiện một tác vụ nào đó.
Các ổ dĩa ngoài tên (Label) do người sử dụng đặt còn được Windows gán cho các ký tự (C:, D:, E:,...), đôi khi các ký tự này không đúng do việc phân chia hoặc gắn thêm ỗ dĩa sau khi cài đặt Windows, bạn có thể sắp xếp lại các ký tự ổ dĩa này theo thứ tự hoặc theo ý thích của bạn.
Có một số chương trình xử lý văn bản, bảng tính, đồ họa... đòi hỏi hệ thống của bạn phải có cài đặt máy in thì mới cho phép bạn sử dụng chức năng xem trước (Preview, Print Preview). Nếu bạn không có máy in bạn có thể cài một máy in ảo, có nghĩa là bạn chỉ cài chương trình điều khiển (Driver) máy in thôi chứ trên thực tế thì không có máy in nào cả và dĩ nhiên là bạn cũng không thể in được.
Những kiểu chữ được sử dụng trong Windows gọi là Font, mặc nhiên sau khi cài đặt Windows chỉ hỗ trợ hiển thị một số Font hạn chế. Một số chương trình sẽ không hiển thị đúng tiếng Việt do đó bạn cần cài đặt thêm phần hỗ trợ ngôn ngữ Việt theo bảng mã Unicode, đây là bảng mã quốc tế theo chuẩn UTF-8 mà hiện nay đang được nhiều người sử dụng.
